W historii upamiętniania ofiar zbrodni katyńskiej przełomowym momentem były lata 1988–1989, kiedy to przy dużym wsparciu większości polskiego społeczeństwa ich bliscy zaczęli grupować się wokół Stowarzyszenia Rodzin Katyńskich. Stowarzyszenie oraz utworzony w tym czasie Niezależny Komitet Historyczny Badania Zbrodni Katyńskiej (NKHBZK) na sesji naukowej zorganizowanej w kwietniu 1990 roku na Uniwersytecie Warszawskim podjęły dyskusję o konieczności utworzenia Muzeum Katyńskiego. Dziś placówka obchodzi 30-lecie istnienia.

Zaczątkiem ekspozycji stałej Muzeum Katyńskiego w jego pierwszej siedzibie była niewątpliwie przygotowana przez Rodziny Katyńskie wystawa pt. „Nie tylko Katyń” w warszawskim kościele Świętego Krzyża, eksponowana w marcu i kwietniu 1990 roku. Po ekshumacjach w Charkowie i Miednoje (latem 1991 roku) przywieziono do kraju znaczną liczbę przedmiotów wykopanych z dołów śmierci. Zbiory te zostały pokazane na kolejnej ekspozycji zorganizowanej w Muzeum Wojska Polskiego pt. „Dowody zbrodni: Ostaszków – Miednoje, Starobielsk – Charków”. Równocześnie prowadzono rozmowy między przedstawicielami środowisk katyńskich a władzami resortu obrony narodowej i dyrekcją Muzeum Wojska Polskiego w sprawie ustanowienia Muzeum Katyńskiego.

17 marca 1992 roku na wspólnym posiedzeniu Federacji Rodzin Katyńskich, NKHBZK, Rady Polskiej Fundacji Katyńskiej, społecznego Zarządu Wojskowego Funduszu na rzecz Pamięci Pomordowanych Żołnierzy WP podjęto wiele ważkich decyzji zmierzających do powołania placówki. 25 marca 1992 roku Federacja Rodzin Katyńskich przesłała do dyrektora Muzeum Wojska Polskiego płk. Zbigniewa Święcickiego oficjalne pismo informujące o podjętych działaniach wraz z opracowanymi założeniami wstępnymi dotyczącymi powołania Muzeum Katyńskiego. W drugiej połowie 1992 roku płk Święcicki wystąpił do ówczesnego wiceministra obrony narodowej Bronisława Komorowskiego z wnioskiem o charakterze formalnym w sprawie utworzenia w Forcie Czerniakowskim Muzeum Katyńskiego jako filii Muzeum Wojska Polskiego. Po akceptacji wniosku 15 lipca 1992 roku na przełomie roku1992 i 1993 wyremontowano oraz zaadaptowano trzy pomieszczenia ekspozycyjne oraz niewielkie zaplecze gospodarcze. W kwietniu 1993 roku pracownicy Muzeum Wojska Polskiego rozpoczęli budowę ekspozycji stałej. Uroczyste oficjalne otwarcie Muzeum Katyńskiego odbyło się 29 czerwca 1993 roku. Po 16 latach w związku z pogarszającym się stanem technicznym pomieszczeń w Forcie Czerniakowskim 17 września 2015 roku placówka została przeniesiona do nowej siedziby w Cytadeli Warszawskiej, w której znajduje się do dzisiaj.

Muzeum Katyńskie gromadzi przedmioty oraz dokumenty wydobyte z mogił osób zgładzonych zgodnie z decyzją Biura Politycznego KC WKP(b) z 5 marca 1940 roku, pochodzące z ekshumacji przeprowadzonych w Katyniu, Charkowie, Miednoje i Bykowni, a także dary przekazane przez rodziny ofiar. Przechowuje je i dba o przetrwanie tych artefaktów-relikwii, niepodważalnych dowodów zbrodni NKWD. Są one swoistymi łącznikami współczesnych pokoleń z pomordowanymi bohaterami – pracownicy Muzeum Katyńskiego do dziś odkrywają treści zamieszczone na nich przez ofiary.

Jaki jest przekaz tych relikwii? O czym one mówią? W sensie dokumentacyjnym przedmioty te są świadectwem losu osób, którym „strzał katyński” przerwał życiowe plany, osób wielu profesji, narodowości i religii. Pozwalają one z wielkiej statystyki zbrodni wydobyć twarze ofiar. Dzięki nim niejako materializuje się buchalteria zbrodni – tak ważne dla enkawudowskiej machiny zbrodni cyfry, które odzwierciedlają wyniki wykonanego rozkazu rozstrzelania i tylko porządkują imiona, nazwiska oraz czas śmierci.

Relikwie mówią o wielkiej miłości ofiar do ojczyzny oraz do bliskich. Ich listy, które dotarły do rodzin, oraz te, z którymi pomordowani zginęli, odnalezione podczas prac ekshumacyjnych w zakamarkach odzieży są pisane miłością. To uczucie niejako staje się nimi, wyraża się w niepokoju o los najbliższych. Stoi ono w opozycji do rzeczywistości, w jakiej się znaleźli: zakłamania, nienawiści, aż do poniesienia śmierci z rąk oprawców. Uwięzieni, odłączeni od tych, których kochali, osamotnieni, prawie do ostatnich chwil żyli nadzieją przetrwania i spotkania z rodzinami.

Okupanci, dokonując w tajemnicy mordu, chcieli, aby pamięć o ofiarach została zatarta w świadomości narodu, społeczeństwa lat II RP. Niemal jednocześnie wraz z oficerami Wojska Polskiego, policjantami, przedstawicielami innych służb mundurowych na represje i powolne konanie zostali skazani ich bliscy, najważniejsi nosiciele pamięci o nich kierujący się podobnymi wartościami. Rodziny uwięzionych deportowano w głąb sowieckiej Rosji w czterech masowych falach deportacyjnych, najliczniej w kwietniu 1940 roku – rzesze kobiet, dzieci i starców uznanych za wrogów ZSRS. Już w ciągu pierwszego roku na skutek trudnych warunków pracy i bytowych, zwłaszcza z głodu i zimna, zmarła większość dzieci do lat czterech oraz osób w podeszłym wieku. Ich szczątki spoczywają obecnie często w nieupamiętnionych miejscach pochówku rozsianych po terenach byłego ZSRS. Czas, na który liczyli zbrodniarze jako swojego sprzymierzeńca, nie pozwolił jednak na zatarcie śladów i stał się sprzymierzeńcem prawdy. W wyniku zmiany międzynarodowej sytuacji wielu bliskich tych ofiar przeżyło i wróciło z sowieckiej ziemi.

Pamięć o zamordowanych przetrwała w rodzinach. Gdy okazało się to możliwe, ich członkowie rozpoczęli walkę o przywrócenie prawdy. Tylko przez trzy dekady wiele udało się zdziałać: na Wschodzie powstały cztery polskie cmentarze wojenne, zorganizowano Muzeum Katyńskie. Walka o prawdę trwa. Strona polska oczekuje na przekazanie licznych dokumentów skrywanych w rosyjskich archiwach. Na godny pochówek i upamiętnienie czekają szczątki ofiar spoczywające poza polskimi cmentarzami wojennymi, np. w Katyniu oraz w Chersoniu w Ukrainie i prawdopodobnie w Kuropatach w Białorusi. Na godny pochówek czekają też szczątki, które swego czasu sprowadzono do Polski z myślą o przeprowadzeniu ich identyfikacji.

Przesłanie Muzeum Katyńskiego, jego ukryte piękno wykraczające ponad martyrologię, to opowieść o ludzkiej więzi silniejszej niż śmierć, zdolnej przetrwać próbę czasu. To przesłanie o prawdziwej miłości. Zwrócenie uwagi na wartość wolności, która nie jest dobrem stałym, o którą należy nieustannie dbać, na powinność przekazywania kolejnym pokoleniom systemu wartości tych, którzy w chwili najwyższej próby zachowali się jak trzeba.