Był szefem Techniki WL i przygotowywał wysłanie pierwszej zmiany kontyngentu do Iraku. Wojsko doposażało się wtedy w pośpiechu, między innymi kupiło na wniosek z Dowództwa Pomorskiego Okręgu Wojskowego 7 zestawów prądotwórczych (zdwojonych agregatów) dla szpitala operacji pokojowych, który po raz pierwszy miał być użyty właśnie w Iraku. Pułkownik uczestniczył w zakupie, z czego następnie przedstawiciele kierownictwa MON, wojskowy prokurator i oficerowie WSI wywiedli zarzut, że działał na szkodę wojska, bo doprowadził z podwładnymi do zakupu wadliwego sprzętu.
Akt oskarżenia nie ostał się w procesie. Janusz Wawrzynów dowiódł, że do czasu jego aresztowania nikt nie zgłosił zastrzeżeń co do agregatów i były one intensywnie eksploatowane w Iraku, Czadzie, Kosowie i Afganistanie. Najintensywniej używany przepracował 7500 godzin bez remontu, podczas gdy wojskowe normy przewidywały remont po 2000 godzin!
Pułkownik w 2006 roku odszedł do rezerwy. Musiał jednak zmagać się z drugim zarzutem dotyczącym rewolweru (nagrody od ministra Bronisława Komorowskiego), pistoletu gazowego i amunicji do nich, znalezionych w sejfie w jego gabinecie podczas przeszukania przez żandarmów. Sprawę ich rzekomego nielegalnego posiadania Izba Wojskowa Sądu Najwyższego umorzyła wyrokiem prawomocnym 15 maja 2011 roku ze względu na niską szkodliwość społeczną czynu. Ustalanie, czy dopuścił się przestępstw, zajęło więc 8 lat.
Areszt i nagonka na pułkownika odbiły się na zdrowiu jego i rodziny. Na sfabrykowanej przy udziale ówczesnych przełożonych aferze stracił ponad 40 tysięcy złotych. Został bowiem wyznaczony 3 listopada 2003 roku na zastępcę szefa logistyki Wojsk Lądowych (posada generała brygady), a trzy dni później zatrzymany i 8 listopada aresztowany, po czym minister anulowal decyzję o jego awansie. Odszedł więc z wojska z niższą odprawą jako pułkownik w 2006 roku. Ponadto, z powodu toczącego się przeciw niemu procesu karnego nie mógł znaleźć nowego pracodawcy. Wnioskuje więc do WSO o wysokie zadośćuczynienie.
Od nikogo z resortu nie usłyszał „Przepraszam”. Ponieważ czuł się lojalnym żołnierzem, po wyroku Sądu Najwyższego wysłał do głównych instancji resortowych zawiadomienie, że został oczyszczony z zarzutów. Wśród tych, którzy mu odpowiedzieli i pogratulowali, był szef Sztabu Generalnego WP. O byłych faktycznych przełożonych pułkownik nie chce się wypowiadać, by nie używać słów nieprzystających oficerowi.
Sędziowie odroczyli wydanie orzeczenia w sprawie zadośćuczynienia i odszkodowania do czasu uzyskania z Departamentu Kadr MON wyliczenia, ile pieniędzy stracił pułkownik wskutek złego potraktowania.
komentarze